O processo de posicionamento do flash no internet explorer pode se tornar uma tarefa muito complicada e dramática, ainda mais quando é possível observar tudo funcionando perfeitamente em outros browsers e não no Internet Explorer.

O fato é que além da necessidade de ajuste do wmode, bastante documentada na internet. Ainda é preciso inserir a propriedade positions em todas as classes que precisarão da propriedade Z-index. Não basta ter Z-Index é preciso ter alguma position.

O procedimento completo para a correção do problema do Flash acima de todo o conteúdo segue abaixo:

1) Adicionar o dentro do object do flash, o valor pode ser “transparent” também.
2) Adicionar wmode="opaque" ou “transparent” dentro do embed.
3) Em todas as divs que irão ser exibidas acima do flash, inserir Z-index:1000; e alguma posição como a position: relative;
4) A classe do Flash deve conter o Z-Index menor que o que ficará acima dele. Dê preferência ao exagero e coloque Z-Index: -1000;

Espera-se que dessa forma seja possível inserir o conteúdo acima do Flash.